拉卡拉POS机直接刷卡和扫码费率不同的原因主要涉及到交易成本、安全性和支付便捷性等多个方面。

首先，从交易成本的角度来看，拉卡拉POS机刷卡交易涉及到物理卡片的读取和处理，这需要一定的设备和网络成本。相比之下，扫码支付则通过手机或其他智能设备进行，技术上更为简单，降低了交易成本。因此，为了平衡成本，扫码支付的费率通常较低。

其次，从安全性的角度来看，拉卡拉POS机刷卡交易通常需要更多的安全验证步骤，例如密码验证或签名验证等，这些验证可以增加交易的安全性。相比之下，扫码支付虽然也采用了多种安全措施，但总体上可能不如刷卡交易安全。因此，为了补偿安全性上的差异，扫码支付的费率也可能较低。

此外，从支付便捷性的角度来看，扫码支付相对于刷卡交易更加便捷。用户只需在手机上打开支付应用，扫描POS机的二维码即可完成支付，无需插入银行卡或等待卡读取器读取卡片。这种便捷性使得扫码支付在某些场景下更受欢迎，因此其费率也可能较低。

总之，拉卡拉POS机直接刷卡和扫码费率不同的原因是多方面的。刷卡交易涉及到更多的技术和安全验证步骤，而扫码支付则更加便捷和简单。为了平衡这些因素，扫码支付的费率通常较低。然而，具体费率可能因商户类型、交易规模和市场竞争等因素而有所不同。因此，商户在选择支付方式时，应根据自己的实际情况和需求进行综合考虑，选择最适合自己的支付方式。