首先需要明确的是，拉卡拉POS机的99元押金是真实的。据拉卡拉POS机官网介绍，押金是为了保证POS机的安全使用而设立的，押金会在刷够流水时返还。同时，拉卡拉还会根据商户的经营情况和POS机使用情况调整押金。因此，从这个角度来看，拉卡拉POS机的99元押金确实是真实的。

那么，为什么有些人对拉卡拉POS机的99元押金表示怀疑呢？主要原因是，在实际使用过程中，有些商户可能没有被告知需要缴纳押金，或者被告知押金金额不一样。这种情况可能是由于拉卡拉在不同地区、通过不同渠道推广POS机时，存款政策的推广存在差异。此外，也有可能是一些不法商户为了谋取私利，故意隐瞒押金政策，或者以其他名义向商户收取额外费用。

针对这种情况，建议商户在选择拉卡拉POS机前一定要详细了解押金政策，并要求拉卡拉工作人员在签订合同前明确告知押金金额和返还流程。如发现商户有违规行为，可通过投诉热线或官方网站进行投诉。

综上所述，拉卡拉POS机的99元押金是真实的，但在实际使用过程中，可能会存在一些差异和不透明。 因此，商户在选择使用拉卡拉POS机时，一定要注意了解存款政策，保持警惕，避免被不法商户利用。